Қазақстанда кездесетін эндемик Кауфман қызғалдағының (Tulipa kaufmanniana) хлоропласт геномына құрылымдық талдау

Аңдатпа

Кауфман қызғалдағы (Tulipa kaufmanniana) Қазақстанға эндемик болып табылатын, сәндік мақсатта кеңінен қолданылатын маңызды өсімдік түрі. Бұл зерттеуде Illumina секвенирлеу технологиясын пайдалана отырып, сирек кездесетін осы түрдің толық хлоропласт геномы алғаш рет сипатталды. Зерттеу нәтижесінде T. kaufmanniana толық геномы жоғары деңгейде сақталғаны анықталды. Геном мөлшері 152 374 ж.н., оның құрамына 26 371 ж.н. болатын екі инверттелген қайталану (ИҚ) аймағы, 82 369 ж.н. құрайтын ұзын бір көшірмелі (ҰБС) аймақ және 17 260 ж.н. тұратын қысқа бір көшірмелі (ҚБС) аймақ кірді. Жалпы ГЦ мөлшері 36,58% құрады. Геномда 130 ген аннотацияланды. Олардың 85-і ақуызды кодтайды, 38-і тРНҚ-ны, ал 8-і рРНҚ-ны кодтайды. Қарапайым тізбекті қайталануларды (ҚТҚ) талдау барысында T. kaufmanniana геномында 158 ҚТҚ локусы табылды. Олар негізінен ҰБС аймағында (63,3%), ҚБС аймағында (19%) және ИҚ аймағында (17,7%) шоғырланған. ҚТҚ-лардың бес санаты (моно-, ди-, три-, тетра-, гексануклеотид) тіркелді. Ең полиморфты ақуыз-кодтайтын гендер ретінде ycf1, matK, rpoC2, rbcL, ndhF, cemA, rpl22, rps3 және psbH анықталды. Олар жоғары тізбектік әртүрлілікке (ТӘ  2,570–6,085) және нуклеотидтік әртүрлілікке ие болды. Салыстырмалы синонимдік кодондарды пайдалану (ССКП) талдауы артық қолданылатын және сирек қолданылатын кодондарды анықтады. Жалпы алғанда, Кауфман қызғалдағының хлоропласт геномын зерттеу Қазақстан эндемигі болып табылатын осы сирек түрдің генетикалық ресурстарын сақтау, сондай-ақ оның эволюциялық және филогенетикалық ерекшеліктерін тереңірек түсіну үшін маңызды. Бұл мәліметтер Қазақстан флорасының биологиялық әртүрлілігін қорғауға және молекулалық деңгейде тиімді сақтау стратегияларын жасауға негіз бола алады.