Fusarium spp. жылдам анықтауға арналған CRISPR/Cas12a-RPA біріктірілген талдау әдісінің потенциалы

Аңдатпа

Егін ауруларын дер кезінде анықтау мен дәл идентификациялау - ауыл шаруашылығындағы тұрақты жүйелердің негізгі құрамдас бөлігі болып табылады және өсімдіктерді жедел әрі тиімді қорғауды қамтамасыз етеді. Алдыңғы қатарда саналатын CRISPR/Cas12a жүйесі фитопатогендерді жоғары дәлдікпен, сезімталдықпен және жедел анықтауға мүмкіндік беретін нуклеин қышқылдарына негізделген заманауи платформа ретінде қарқынды дамып келеді. Осы зерттеуде біз Fusarium туысының саңырауқұлақтарын анықтауға арналған acl1 генін нысана еткен CRISPR/Cas12a негізіндегі әдісті әзірледік. Нысана ген фрагментін қамтитын плазмида Рекомбиназалық полимеразалық амплификация (RPA) әдісімен сәтті амплификацияланды, бұл изотермиялық амплификацияны CRISPR/Cas12a детекция әдісімен біріктірудің орындылығын растады. CRISPR-Cas12a реакциясын оңтайландыру нәтижесінде ең тиімді шарттар 100 нМ MbCas12a, 100 нМ crRNA, және 5 µМ ssDNA репортері ретінде анықталды. Сезімталдықты анықтау сынақтары acl1 генін 1:1000 дейінгі сұйылтуда сенімді анықтауға болатынын көрсетті. Түрлі өсімдік патогенді саңырауқұлақтар түрлерін қамтыған ерекшелік сынақтары әзірленген әдістің жоғары ерекшелігін дәлелдеді. Осылайша, бұл зерттеу Fusarium туысының өкілдерін анықтау үшін CRISPR/Cas12a негізіндегі жүйенің ауыл шаруашылығында қолдануға арналған перспективалы диагностикалық құрал екенін көрсетеді.